Chương 9: Chiến bại ác liệt
Ngài Cadogan trong một bức chân dung cũ kỹ không xuất hiện trong phim, và vì vậy, vai trò của ông là thay thế Bà béo làm chân dung canh cửa vào phòng sinh hoạt chung của nhà Gryffindor cũng bị cắt theo
Có một cảnh khá lạ không xảy ra trong sách là lớp học có một máy chiếu điều này là rất vô lý khi những vật dụng như vậy chỉ được dùng ở thế giới Muggle và hơn hết máy chiếu cần điện mà phù thủy thì không dùng điện. Và vì có máy chiếu nên khi Snape bước vào phòng ông đã đóng tất cả các cửa sổ lại.
Trong sách, cơn mưa trong trận đấu Quidditch với đội Hufflepuff khiến Harry khó nhìn cho đến khi Hermione ếm bùa Impervius vào kính của Harry. Trong phim, các cầu thủ Quidditch được đeo kính bảo hộ và không có màn trổ tài của Hermione
Cũng trong sách, Harry đã làm rơi cây chổi của mình và Cedric bắt được Snitch. Trong phim, Harry đã bị sét đánh và rơi khỏi cây chổi và để lại Snitch với Cedric
Chương 10: Bản đồ đạo tặc
Nguồn gốc của Bản đồ đạo tặc đã không được tiết lộ trong phim. Toàn bộ cốt truyện về bộ tứ đạo tặc đã bị bỏ qua. Điều này dẫn tới những điều vô trong các bộ phim sau này khi Voldemort gọi Pettigrew là “Đuôi trùn” trong giấc mơ mà Harry chứng kiến (trong tập Chiếc cốc lửa ) và “Mắt điên” Moody đề cập đến Sirius là “Chân nhồi bông” trước mặt Harry (trong tập Hội Phượng hoàng.
Trong sách, Ron và Hermione đã ở cùng Harry khi cậu nghe trộm cuộc nói chuyện của Fudge với nhân viên và Rosmerta. Trong phim, Harry ở một mình khi Nhà trọ cấm các phù thủy nhỏ tuổi bước vào quán rượu vào ngày hôm đó. Cũng trong phim, Harry đã lẻn sử dụng Áo choàng tàng hình của mình, trong khi trong sách, cậu trốn bên dưới bàn của Ron và Hermione vì Harry đã không mang theo chiếc áo choàng trong lần đầu tiên đến thăm Hogsmeade.
Chương 11: Tia chớp
Trong sách, Harry đã nhận được cây Tia chớp vào lễ Giáng sinh ngay sau khi cây Nimbus 2000 của cậu ấy bị phá hủy. Cuối cùng, Sirius Black tiết lộ rằng anh ta đã gửi cây chổi. Trong phim, Harry nhận được cây Tia chớp ở cuối phim, và mặc dù không có ghi chú là ai gửi nhưng Hermione đã chỉ cho Harry thấy một trong những chiếc lông vũ của Buckbeak được gửi kèm với cây chổi
Ngoài ra, trong sách có cảnh Giáo sư McGonagall tịch thu cây Tia chớp ngay sau khi Harry nhận được nó để kiểm tra xem cây chổi có bị ếm bùa không ngay sau khi Hermione thông báo cho cô ấy về nó và phải mất nhiều tháng trước khi Harry được phép sử dụng cây Tia chớp
Chương 12: Thần hộ mệnh
Để kêu gọi được thần hộ mệnh Harry đã dùng ký ức về việc anh ấy đã hạnh phúc như thế nào khi rời khỏi Dursley. Trong phim, Harry sử dụng một ký ức về cha mẹ mình.
Chương 13: Gryffindor đấu với Ravenclaw
Trong phim, phân đoạn Sirius cố gắng giết Đuôi Trùn đang cải trang thành một con chuột vào lúc nửa đêm bằng một con dao và vô tình cắt nát rèm giường của Ron khiến cậu sợ đã bị cắt trên phim. Ngoài ra, cảnh McGonagall ở trong Phòng sinh hoạt chung và Ron kể về những gì đã xảy ra cũng đã bị cắt
Do phần lớn cảnh Quidditch trong phần phim này đã bị cắt bỏ nên Cho Chang đã không xuất hiện mãi cho tới phần phim sau
Chương 14: Mối ác cảm của thầy Snape
Harry ném những quả cầu tuyết vào Draco và những người bạn của cậu khi đang ở dưới Áo choàng Tàng hình khi ở làng Hogsmeade. Trong cuốn tiểu thuyết, Harry đã ném những quả bóng bùn thay vì bóng tuyết như trên phim. Cảnh phim cũng được mở rộng, với việc Harry cũng đánh lừa Crabbe và đá vào lưng cậu ta, kéo mũ của Pike qua mắt anh ta và xoay anh ta bằng chiếc khăn của mình và kéo lê Draco dưới đất
Một phần bị lược bỏ trong phim là chiếc mũ trùm đầu của chiếc áo choàng rơi ra khỏi đầu Harry khiến Malfoy biết được Harry đã đi Hogsmeade mà không được phép, vì vậy trong phim không ai (ngoại trừ Ron, Hermione, Fred và George) biết về đi Hogsmede của Harry.
Trong phim, cảnh Harry bị bắt xảy ra vào ban đêm khi Snape gặp Harry ở hành lang sau khi Harry nhìn thấy tên Pettigrew vào trên bản đồ của Đạo tặc và đi tìm hắn. Trong sách, Snape bắt gặp Harry trong hội trường ngay sau khi cậu trèo lên cái bướu của Phù thủy Một mí sau khi bị Malfoy nhìn thấy ở Hogsmeade. Cả hai phiên bản của cảnh Harry bị bắt đều kết thúc bằng việc Lupin lấy đi tấm bản đồ đạo tặc.
Chương 15: Trận chung kết Quidditch
Trong sách, Hermione đang đi sau Harry và Ron trên đường đến lớp học bùa chú nhưng khi họ đến lớp thì cô ấy đã biến mất, và họ không biết Hermione đã ở đâu cho đến cuối ngày hôm đó khi họ thấy cô ấy đang ngủ trên một cuốn sách trong Tháp Gryffindor. Đây là một trong những manh mối cho thấy Hermione đã sử dụng chiếc Xoay thời gian nhưng nó đã bị cắt và không xuất hiện trên phim.