Chương 1: Hộp thư cú
Có một chi tiết bất hợp lý lúc mới bắt đầu phim Harry Potter và tên tù nhân Ngục Azkaban đó là Harry đã sử dụng câu thần chú Lumos Maxima ở ngoài trường Hogwarts. Điều này là vi phạm với điều luật hạn chế phù thủy tuổi vị thành niên nên tất nhiên nó không có trong truyện.
Ngoài ra Harry không hề nhận được quà sinh nhật từ bạn bè của mình và Harry cũng không biết về chuyến du lịch của nhà Weasley đến Ai Cập mãi cho tới khi cậu đến ở tại quán Cái Vạc Lủng
Trên phim không hề đề cập đến việc Ron nhận được một cây đũa phép mới để thay thế cây đũa cũ bị hỏng của mình. Tuy nhiên, Ron thực sự có một cây đũa phép mới khi mà gia đình Weasley trúng số, quả là số phận hẩm hiu.
Chương 2: Sai lầm lớn của dì Marge
Trong sách, dì Marge ở lại vài đêm trước khi bị biến thành quả “bóng bay” và bay lòng vòng khắp nước anh. Trên phim thời gian dì Marge hạch sách Harry đã giảm rất nhiều khi Harry khiến mụ trương phình ngay trong ngày bà ấy đến thăm.
Chương 3: Chuyến xe đò Hiệp Sĩ
Trong sách, Harry đã giả làm Neville Longbottom trong suốt quá trình đi Xe đò Hiệp sĩ để trốn tránh Bộ Pháp thuật. Trong phim, Harry không giả làm Neville. Tuy nhiên, danh tính của cậu vẫn được giữ bí mật.
Trong sách, Harry vẫn còn tận hai tuần nghỉ hè trước khi trở lại Hogwarts, sau sự cố thổi bay dì Marge như Cornelius Fudge đã đề cập. Nhưng trong phim, Harry trở lại Hogwarts ngay ngày hôm sau sau khi đến quán Cái Vạc Lủng.
Chương 4: Quán Cái Vạc Lủng
Vì trên phim đã cắt bỏ giai đoạn 2 tuần ăn chơi ở Hẻm Xéo của Harry nên cảnh Hermione và Ron đoàn tụ với Harry tại Quán Cái vạc lủng cũng không xuất hiện.
Chương 5: Giám ngục Azkaban
Trên chuyến tàu tốc hành Hogwarts, thực chất Malfoy, Ginny và Neville không hề đi tới toa tàu của Ron, Hermione và Harry, chi tiết này đã được thêm vào trên phim
Dàn hợp xướng Hogwarts không hề tồn tại trong sách và đây là chi tiết mà đạo diễn thêm vào phim. Và sau đó nó cũng được đề cập đến trong phần phim thứ sáu như một lý do để thoát khỏi cuộc trò chuyện với Giáo sư Slughorn.
Chương 6: Móng vuốt và lá trà
Vì thời lượng có hạn và toàn bộ tiết học Biến hình của cô Mcgonnagal và tiết học Độc dược của thầy Snape đã không hề xuất hiện trên phim
Khi nhà Gryffindor và nhà Slytherin tham gia bài học đầu tiên về Chăm sóc sinh vật huyền bí trong sách, họ đến thăm Đàn Bằng Mã ở Hogwarts, nhưng trong phim Buckbeak dường như là chú bằng mã duy nhất ở Hogwarts.
Ngoài những chi tiết bị cắt bỏ thì ở phần phim này có những chi tiết đạo diễn làm rất tốt đó là những cảnh gợi mở mối tình lãng mạn giữa Ron và Hermione. Trong buổi học Chăm sóc Sinh vật Huyền bí đầu tiên của họ, Hermione nắm lấy tay Ron khi Harry đi đến chỗ Buckbeak, điều này khiến Ron rất ngạc nhiên. Sau đó, khi Buckbeak bị hành quyết Hermione bắt đầu khóc và ôm Ron.
Khi Harry cưỡi trên Buckbeak trong phim, họ bay đến hồ đen của Hogwarts. Nhưng trong sách, họ chỉ bay quanh bãi cỏ trong Rừng Cấm và Harry cũng tỏ ra không ưa thích gì việc cưỡi Buckbeak so với phim
Chương 7: Ông kẹ trong tủ quần áo
Trong sách, khi Harry, Ron và Hermione đi đến lớp Phòng chống Nghệ thuật Hắc ám, Hermione đã biến mất một cách bí ẩn và sau đó lại xuất hiện sau họ vài bước chân khiến Ron và Harry rất ngạc nhiên. Trong phim, Harry và Ron đã ở trong lớp học khi Hermione xuất hiện trong giờ học.
Trong sách, Ông kẹ đã biến thành một con nhện để dọa Ron và bị mất chân khi Ron sử dụng câu thần chú vào nó sau đó nó lăn lông lốc tới chỗ Harry, nơi mà Lupin ngăn nó biến hình. Trong khi trong phim, Ron đã làm cho 4 đôi giày trượt Patin xuất hiện trên chân của con nhện (điều này khá bất hợp lí vì đây là đồ vật của dân Muggle và không lý nào Ron lại có thể biết nó)
Chương 8: Chuyến bay của bà béo
Trong khi cuốn sách có Peeves mô tả cuộc tấn công của Sirius Black vào bức chân dung của bà béo và sau đó họ tìm thấy bà trốn trong một bức chân dung đặt ở lầu 4. Trong phim, chính bà béo là người đã mô tả cuộc tấn công từ một bức chân dung mà bà trốn gần đó.
Trong sách, trong khi Harry không thể đến Hogsmeade và ở với giáo sư Lupin, họ dành thời gian trong văn phòng của thầy và Harry nhìn thấy một Grindylow mà Lupin đang chuẩn bị cho bài học tiếp theo của họ. Trong khi trong phim, họ lại nói chuyện trên Cây cầu gỗ. Sự khác biệt này gây ra nhiều điều bất hợp lý trong phần phim thứ bảy khi Lupin tra hỏi Harry rằng ‘sinh vật nào đã ở góc phòng trong lần đầu tiên Harry Potter đến thăm văn phòng của tôi ở Hogwarts’.