Chương 11: Câu lạc bộ đấu tay đôi
Cảnh Harry, Ron và Hermione gây náo loạn trong lớp Độc dược để ăn cắp nguyên liệu từ Giáo sư Snape đã bị cắt bỏ trên phim. Điều này gây ra nhiều lỗi liên tục cho bộ phim Harry Potter và Chiếc cốc lửa, khi mà giáo sư Snape cáo buộc Harry đã chế tạo Thuốc đa dịch bằng cách ăn cắp nguyên liệu của ông thêm 1 lần nữa.
Một câu thoại mà Snape đã nói trong sách: “Longbottom phá hoại ngay với cả những thần chú cơ bản nhất”, đã được đổi thành “Cây đũa phép của Weasley gây ra sự phá hoại với những thần chú cơ bản nhất” sau khi Giáo sư Lockhart chọn Ron và Harry để thể hiện Bùa giải giới.
Tarantallegra là một Bùa ếm được dùng để buộc ai đó nhảy múa điên cuồng và không tự nguyện đã không được sử dụng trong phim. Ngoài ra, việc tấn công bằng bùa chú Serpensortia là lựa chọn của riêng Malfoy, ngược lại trong tiểu thuyết, Snape là lại người gợi ý cho Draco câu thần chú này.
Chương 12: Thuốc đa dịch
Theo nguyên tác, thuốc đa dịch sẽ đổi màu sắc, tính chất và cả mùi vị khi được thêm tóc vào. Loại mùi vị và màu sắc sẽ đặc trưng cho từng người. Trên phim dường như chi tiết này đã bị lược bỏ.
Trong cuốn sách, khi dùng thuốc Đa dịch Harry cảm thấy bên trong của mình bắt đầu quằn quại như thể vừa nuốt phải rắn sống, sau đó cảm giác nóng rát lan nhanh từ bụng đến tận cùng các ngón tay và ngón chân. Sau đó là một cảm giác nóng chảy khủng khiếp, và da của Harry nổi hàng loạt bong bóng. Tiếp đến bàn tay cậu ấy bắt đầu dài ra, các ngón tay dày lên, móng tay mở rộng, các khớp ngón tay phồng lên, vai Harry căng ra một cách đau đớn. Áo chùng của cậu bị xé toạc khi ngực nở ra như một cái thùng đang nổ tung, bàn chân của Harry đau đớn khi phải nhét trong đôi giày quá nhỏ. Trong phim, quá trình biến đổi dễ dàng hơn nhiều khi Harry chỉ nhìn thấy tay nổi bong bóng và sau đó là biến thành một người hoàn toàn khác
Hiệu ứng của Thuốc đa dịch cũng khác nhau giữa sách và phim. Trong phim, giọng của Harry và Ron không thay đổi khi họ trở thành Crabbe và Goyle, buộc họ phải bắt chước nhưng thực tế thì giọng của họ phải được thay đổi.
Chương 13: Cuốn nhật ký bí mật
Trong sách, khi Harry bị cuốn vào cuốn nhật ký của 50 năm trước, anh ta đi qua văn phòng Hiệu trưởng, nơi Giáo sư Dippet đang đọc một bức thư của Tom Riddle. Trong phim, Harry đã đi bên dưới Cầu thang lớn nơi Tom Riddle đang đứng, ngay trước khi một cụ Dumbledore trẻ hơn xuất hiện để nói chuyện với anh ta.
Trong phim, một cảnh được thêm vào đó là Harry và Tom Riddle nhìn thấy xác chết của Myrtle được bọc trong một tấm khăn với cánh tay phải thò ra và bị một số pháp sư mang đi. Sự kiện này đã không xảy ra trong tiểu thuyết.
Trong sách, Armando Dippet là người nói chuyện với Tom Riddle về việc Hogwarts sẽ đóng cửa. Trong phim, cụ Dumbledore là người nói chuyện với Tom trong khi Dippet chỉ xuất hiện một giây ngắn ngủi rồi quay lưng lại và chẳng nói gì với Tom.
Chương 14: Cornelius Fudge
Việc Ginny cố gắng tiết lộ bí mật của cô ấy với Ron và Harry đã bị bỏ qua, mặc dù một cảnh Ginny nhìn thấy Harry với cuốn nhật ký đã được đưa vào kịch bản.
Hầu như tất cả các gợi ý báo trước về việc Ginny hành động kỳ lạ hoặc vô cảm đều bị lược bỏ. Tuy nhiên, trong phim, cảnh McGonagall thông báo cho nhà Gryffindor về khả năng đóng cửa trường học cho thấy Ginny tỏ ra khó chịu như thể đó là lỗi của cô ấy.
Cuốn sách đề cập rằng “tiếng gáy của gà trống có thể giết chết Tử xà Basilisk” khiến những con gà trống của Hagrid bị giết vì Người thừa kế của Slytherin không muốn có bất kì con gà trống nào lảng vảng gần lâu đài. Điều này không được đề cập trong phim, mặc dù Hagrid được nhìn thấy đang ôm một trong những con gà trống đã chết của mình khi xông vào văn phòng của cụ Dumbledore khi nỗ lực bảo vệ Harry khỏi bị đuổi học
Chương 15: Aragog
Trong sách, sau khi Hagrid đề cập rằng nếu họ đang tìm kiếm câu trả lời, tất cả những gì họ phải làm là theo dõi những con nhện, Harry và Ron đã không nhìn thấy bất kỳ con nhện nào cho đến một ngày họ học môn Thảo dược và Harry đã chỉ chúng cho Ron. Họ nhận ra con đường mà lũ nhện đang đi là tiến vào Rừng Cấm nhưng Ron và Harry đã không đi theo chúng mãi cho đến khi mọi người đã đi. Trong phim, ngay sau khi Hagrid bị Bộ trưởng bắt đi, Harry và Ron nhìn thấy những con nhện đang bò dọc cửa sổ căn chòi của Hagrid và theo chúng vào Rừng Cấm.
Trong sách, Harry, Ron và Fang bị nhện đưa đến hang ổ của Aragog nhưng trong phim, họ đã tự tìm đường đến đó.
Chương 16: Phòng chứa bí mật
Trong sách, khi Harry và Ron nhận ra rằng Lockhart là một kẻ lừa đảo, họ đã đánh bại gã bằng cách Bùa giải giới và ném đũa phép của anh ta ra ngoài cửa sổ. Trên phim chi tiết này đã bị thay đổi đôi chút
Trong sách miêu tả con Tử Xà với chiều dài khoảng 20 feet nhưng khi lên phim dường như đạo diễn đã cho con Tử Xà to gấp 3 lần như vậy.
Trên miêu tả của tác giả lối vào Căn phòng nơi Ginny đang nằm ngất xỉu bao gồm một bức tường vững chắc, trên đó có chạm khắc hai con rắn quấn vào nhau, đôi mắt của chúng được gắn những viên ngọc lục bảo sáng lấp lánh và khi Harry nói tiếng xà ngữ để mở lối vào, những con rắn này tách ra làm bức tường rạn nứt và cánh cửa từ từ được mở ra. Trong phim, lối vào lại bao gồm một cánh cửa hình tròn với 7 con rắn nằm trên mép cửa
Chương 17: Người kế vị Slytherin
Trong phim, Basilisk có một màn rượt đuổi Harry khắp Phòng chứa bí mật trong khi trong sách, cuộc chiến của Harry chống lại Basilisk diễn ra nhanh chóng và gọn gàng. Ngoài ra trong sách, Harry cũng không hề trèo lên bức tượng cũng như không đi vào bức tượng.
Trong sách, bức tượng ở cuối Phòng chứa bí mật là bức tượng toàn thân của Salazar Slytherin, trong khi trong phim chỉ là bức tượng lớn đầu và vai của Slytherin.
Tại Phòng chứa bí mật, Harry đã đội chiếc Mũ phân loại và hét vào mặt nó để được giúp đỡ. Sau đó thanh kiếm Gryffindor đã lao ra và đập vào đầu Harry khiến cậu muốn ngất đi. Trong phim, thanh kiếm đột nhiên xuất hiện trong chiếc mũ khi nó nằm trên đất và Harry chỉ việc cầm lấy nó.
Chương 18: Phần thưởng cho Dobby
Trong phim, khi Lucius đến văn phòng của Dumbledore và Harry để ý thấy Dobby, cậu ấy mới nhận ra Dobby là gia tinh của nhà Malfo. Điều này đã không xảy ra trong sách vì Dobby đã được suy đoán gia tinh nhà Malfoy từ trước đó.
Trong sách, ngay sau khi Dobby được giải thoát, Malfoy giơ cây đũa phép lên đe dọa Harry, trước khi Dobby đe dọa hắn rời đi. Trong phim, có vẻ như Lucius Malfoy bắt đầu nói “Avada Kedavra” trước khi Dobby đánh văng hắn qua hành lang.