Chương 8: Bậc thầy độc dược
Theo chương trình học của Hogwarts như trong truyện, học sinh sẽ được học môn Bùa chú trước môn Độc dược rất xa, nhưng trên phim điều này thì có vẻ như là bị đải ngược vì một số lý do nào đó
Chương 9: Trận chiến lúc nửa đêm
Trong truyện, sau cú ngã khiến Neville bị gãy cổ tay ở lớp học bay, Draco Malfoy nói rằng cậu ta sẽ để Quả cầu gợi nhớ của Neville trên cây để buộc Neville phải đi tìm, nhưng trong phim Draco lại nói cậu ta sẽ để nó trên mái nhà, điều này khiến cho việc Harry được chọn làm Tầm thủ hợp lý hơn.
Ngoài ra ở lớp học bay có một chi tiết khi tất cả học sinh hô “Lên” để khiến cây chổi bay bay lên, Ron đã bị cây chổi đập vào mặt. Chi tiết này trên phim khá là “dìm hàng” Ron bởi vì trong bộ ba thì chỉ có Hermione gặp khó khăn trong việc điều khiể
n chổi bay còn Ron và Harry thì làm rất tốt việc này.
Trong truyện, cô McGonagall đã nói với Harry trước mặt Oliver Wood rằng cha của Harry là James Potter từng là một Truy thủ cho đội Quidditch nhà Gryffindor khi James còn học tại Hogwarts. Trên phim, Hermione đưa Ron và Harry tới một cái tủ chứa cúp, nơi đó Harry đã nhìn thấy tên của cha mình trên một cái huy hiệu ghi rõ cha cậu là một Tầm thủ thay vì là Truy thủ.
Một chi tiết khác trên phim đó là khi bộ ba gặp Fluffy lần đầu tiên, lúc ấy đã có mặt Neville chính vì vậy đã góp phần dẫn tới hành động ngăn cản của Neville khi bộ ba muốn đến đó một lần nữa.
Chương 10: Halloween
Do yêu tinh Peeves bị lược bỏ khỏi phim, nên khi nghe tin quái vật khổng lồ (troll) đột nhập vào Hogwarts, Ron đã không tin và cho rằng mọi người đang giỡn chơi, vì cậu cho rằng nó không thể tự mình làm vậy bởi troll thường rất ngu ngốc. Trong truyện, Ron cảm thấy rằng có thể chính Peeves là kẻ đã đưa troll vào trường để trêu đùa mọi người nhân dịp Halloween.
Trong truyện, khi Hermione đang ngồi khóc trong nhà vệ sinh và giáo sư Quirrell kêu lên “Có quái vật trong hầm nguc!”, Harry và Ron chạy đi tìm cô bé và thấy con quái vật đang đi vào một căn phòng (mà hai đứa không nhận ra đó là nhà vệ sinh nữ), sau đó hai đứa khóa cửa vì nghĩ rằng đã nhốt con quái vật trong một căn phòng bất kì, cho đến khi nghe thấy Hermione đang la hét và nhận ra là hai cậu đã nhốt cô bé cùng với thứ kinh khủng đó trong nhà vệ sinh.
Trong phim, Harry và Ron nhìn thấy bóng của con quái vật lộ ra, và khi hai cậu ẩn nấp và nhìn theo con quái vật đi vào một căn phòng, Harry đã nhận ra ngay: “Nó đang đi vào nhà vệ sinh nữ!” và xông vào cứu Hermione.
Chương 11: Quidditch
Cảnh phim mà Harry sở hữu cuốn sách “Quidditch qua các thời đại” khi còn ở ngoài trường học và thầy Snape đã tịch thu nó và trừ của nhà Gryffindor 5 điểm đã bị cắt đi. Đây là một trong những tình tiết khiến Harry có ác cảm và căm ghét Snape hơn.
Trong truyện, khi trận đấu Quidditch giữa hai nhà Gryffindor – Slytherin đang diễn ra, điểm của nhà Gryffindor đang là 20 và Slytherin là 60 cho đến khi Harry giành về 150 điểm cho Gryffindor nhờ chộp được trái banh Golden Snitch. Trong phim, cả hai đội đều đang hòa nhau với tỉ số 20-20 cho đến khi Harry bắt được trái Snitch và giành 150 điểm. Tình tiết này trên phim khá hợp lý vì nó gây được hiệu ứng phấn khích cho khán giả bởi sự lật kèo của nhà Gryffindor.
Trong truyện, khi Hermione cố gắng ngăn thầy Snape phù phép chiếc chổi của Harry, cô bé bất cẩn đâm sầm vào Quirrell, làm hắn ngã lăn quay. Trên phim, khi những phù thủy khác ở gần Snape nhìn thấy áo của ông ta đang cháy, một trong số họ đã xô ngã Quirrell xuống đất, phá vỡ giao tiếp bằng mắt của hắn với chổi của Harry.
Chương 12: Chiếc gương ảo ảnh
Vào ngày Giáng sinh, Harry được Hagrid tặng một ống sáo bằng gỗ, một đồng xu 50 pence từ dượng Vernon và dì Petunia, một cái áo len từ bà Molly Weasley, một túi đầy sô cô la ếch nhái từ Hermione và chiếc áo tàng hình từ cụ Dumbledore. Trong phim, Harry chỉ nhận được chiếc áo tàng hình, trong khi cái áo len xuất hiện ở phân cảnh đã bị cắt.
Trong truyện, Ron trông có vẻ chẳng biết gì về chiếc áo tàng hình cả, nhưng trong phim cậu lại nhận ra nó là gì ngay khi Harry mặc nó vào.
Khi nhìn vào tấm gương ảo ảnh Harry nhìn thấy cha mẹ và ông bà mình trong tấm gương ảo ảnh, nhưng trong phim, cậu chỉ thấy cha mẹ mình khi nhìn vào gương.
Chương 13: Nicolas Flamel
Trận đấu Quidditch giữa nhà Hufflepuff-Gryffindor, nơi Snape làm trọng tài đã bị lược bỏ trong phim. Trong phân cảnh này sau khi chiến thắng Hufflepuff, Harry nhìn thấy một bóng người trùm đầu lao vào rừng cấm và cậu đã bay theo người đó và chạm trán Snape và Quirrell, Harry đã nghe lén cuộc trò chuyện của họ tại rừng cấm. Thay vào đó, trong phim, Harry nghe thấy Snape nói chuyện với Quirrell trong một hành lang gần thư viện trước khi tình cờ nhìn thấy tấm gương ảo ảnh.
Trong phim, Harry, Ron và Hermione khám phá ra mối liên hệ của cụ Nicolas Flamel và viên đá thông qua một cuốn sách, chứ không phải Thẻ socola ếch của Albus Dumbledore, mặc dù một cảnh bị xóa cho thấy họ cũng phát hiện ra mối liên hệ thông qua thẻ socola ếch.
Chương 14: Nobert – Rồng Nauy
Cảnh con rồng Norbert được gửi đến Charlie Weasley đã bị cắt bỏ. Thay vào đó, Hagrid sau đó đã tiết lộ với bộ ba rằng cụ Dumbledore đã gửi nó đến Romania (còn việc có gửi cho Charlie hay không thì không được tiết lộ, mặc dù trong phim có đề cập đến việc Charlie làm việc với rồng ở Romania).
Trong truyện Harry và Hermione bị cấm túc là vì họ đã để quên chiếc Áo choàng tàng hình trong tháp Thiên văn trong khi đưa Norbert đến Charlie Weasley và bị Argus Filch bắt ở chân cầu thang. Neville cũng bị cấm túc vì đã rời khỏi giường vì cố gắng cảnh báo Harry về Malfoy và bị Giáo sư McGonagall bắt gặp. Trong phim, họ bị giam giữ vì Draco Malfoy đã nhìn thấy họ trong túp lều của Hagrid sau giờ giới nghiêm.
Chương 15: Rừng Cấm
Giáo sư McGonagall đã trừ 50 điểm của Slytherin thay vì 20. Cô ấy nói ” 50 điểm sẽ bị trừ cho mỗi trò. ” Trước khi nói ” Cả trò sẽ bị cấm túc “. Cho đến khi cô ấy nói điều đó, Malfoy không biết rằng cậu ta cũng sẽ bị cấm túc. Trong sách, Malfoy bị McGonagall bắt trước khi Filch bắt được Harry, Neville và Hermione.
Trong truyện, các thành viên khác của nhà Gryffindor, Hufflepuff và cả Ravenclaw đều tỏ ra rất khó chịu khi mà Harry, Ron và Hermione đã làm cho nhà Gryffindor bị mất rất nhiều điểm. Điều này không được thể hiện trong phim (ngoại trừ sự thất vọng của thành viên nhà Gryffindor khi để mất Cúp Nhà ở cuối học kỳ)
Ronan và Bane bị lược bỏ trong phim. Firenze là nhân mã duy nhất được xuất hiện. Bane sau đó xuất hiện trong phần Harry Potter và hội phượng hoàng nhưng lại không được tiết lộ danh tính cho dù đây là lần duy nhất Bane xuất hiện trong phim.
Chương 16: Qua cánh cửa sập
Trong truyện, khi Harry, Ron và Hermione nói với Giáo sư McGonagall rằng họ phải gặp Giáo sư Dumbledore, Harry gần như nói rằng Snape đang cố gắng đánh cắp Hòn đá Phù thủy, nhưng sau đó sửa lại thành ai đó. Ngược lại trong phim, Harry chỉ nói rằng ai đó đang gắng ăn cắp nó.
Trong phim, Harry, Ron và Hermione không có cây sáo có thể ru ngủ Fluffy như trong truyện. Thay vào đó Bộ ba này trùm áo tàng hình để bước vào căn phòng và phát hiện ra cây đàn hạc bị phù phép đang ru ngủ con quái vật ba đầu
Khi mắc vào Tấm lưới Sa tăng Hermione và Harry thoát được bằng cách thả lỏng và không chống cự, sau đó cô bé đã cứu Ron bằng thần chú Lumos Solem. Trong truyện, Hermione tìm ra một bức tường ẩm ướt và tự giải thoát mình trước khi bị dây leo cuốn chặt. Cô bé cũng giải thoát được cho hai bạn của mình bằng thần chú Bluebell Flames. Cũng như vậy, trong truyện, Hermione đã rất rối trí khi cả ba bị vướng vào Tấm lưới Sa tăng, và Ron là người đã giúp cô bé hết hoang mang. Trong phim, mọi chuyện diễn ra ngược lại, khi Ron tỏ ra hoảng loạn tột độ và chính Hermione phải khiến cậu bình tĩnh trở lại.
Trong truyện, Harry, Ron và Hermione mỗi đứa cầm một cái chổi và bay lên để đuổi bắt những chiếc chìa khóa bay, trong khi trên phim, chỉ có mình Harry đuổi theo đám chìa khóa, vì có duy nhất một cái chổi. Đây có thể là dụng ý của nhà làm phim nhằm làm bộc lộ rõ khả năng của từng người (Hermione giỏi về thần chú, Harry là một Tầm thủ cự phách, và Ron chơi cờ vua rất giỏi).
Chương 17: Người đàn ông mang hai gương mặt
Trong truyện, Quirrell đã biết rằng Hermione là người đã đốt cháy áo choàng của Snape khi hắn kể về việc cô đã xô ngã hắn trong trận đấu Quidditch Gryffindor-Slytherin, nhưng trong phim, ông ta dường như không biết cô ấy ở dưới khán đài và một phù thủy khác đã làm Quirrel ngã.
Trong truyện, Voldermort giết Quirrell bằng cách rời khỏi đầu hắn, đây là nguyên nhân khiến hắn chết. Trong phim, Quirrell chết bởi Harry đã túm lấy mặt hắn, khiến hắn tan thành tro bụi.
Trong truyện, Harry Potter đã bất tỉnh nhân sự trước khi Quirinus Quirrell chết, trong khi trên phim Harry đã chứng kiến cái chết của hắn. Điều này đã tạo ra một lỗ hổng cho phim, với việc Harry có khả năng nhìn thấy Vong mã trong phần “Harry Potter và Hội Phượng Hoàng”, bởi vì Harry không thể thấy được Vong mã cho đến khi cậu chứng kiến cái chết của Cedric Diggory.